ボーンを選択して、その下階層の全てのボーンを取得させようとしたのですが、簡単なほうほうが思いつかず
おちゃっこさんはどのような方法で下階層のボーンを取得させていますか。
木構造で調べていると「深さ優先探索」というのを見つけたのですがこのような方法でしょうか？

そういう時は再帰呼び出しを使います。
C言語でなんとなく書くと下のようになります。

まず親の無いトップジョイント(topjoint)を探します。
そして
int brotherflag = 0;
HogeFuncReq( topjoint, brotherflag );
のように再帰命令を呼び出します。

再帰命令は
void HogeFuncReq( CJoint* curjoint, int brotherflag )
{
　//jointに何らかの処理
　curjoint->pos.z += 0.5f;

　//子供があれば呼び出し
　if( curjoint->child ){
　　HogeFuncReq( curjoint->child, 1 );
　}

　//兄弟があれば書き出し
　if( (brotherflag == 1) && curjoint->brother ){
　　HogeFuncReq( curjoint->brother, 1 );
　}

}

っていう感じで書きます。
HSPでは再帰はやったことないですが
HSPにも実装されていたはずです。

モジュールつかえば再帰可能なので、うまくいくことができました
ありがとうございます。